苹果树清头，就是在修剪当中对各级竞争枝进行清理疏除。这种方法能加大枝干比或粗度比。有利于加大各级骨干枝的级次，减少竞争枝对带头枝的竞争力，缓和树势，稳定树势。有利于培养单轴延伸的结果枝组。
苹果树在夏季修剪中，对三叉头或五叉头枝进行修剪叫清头。一般对背上的竞争枝平剪疏除，对两侧和背下的竞争枝疏除时要保留基部两片小叶。有利于带头枝的健壮生长，基部保留的短橛，还能萌发出小枝，有的当年能形成花芽。
夏季修剪的清头工作，主要针对树势偏强的旺树进行。中庸树和弱树的清头工作应该放在休眠期修剪中进行，这样做对复壮树势有利。
夏季清头修剪的时间，应掌握在早和晚两个阶段。早，就是在五月份谢花后到套袋之前，这时候清头有利于花芽形成。晚，就是在八月中旬开始清理梢头，这时候清理不会影响花芽生理分化，能减轻休眠期的修剪量，稳定树势。
需要注意的是，六七月份新梢停长期不宜清头。这时候清头，由于减少了外围的拉力和修剪的刺激作用，内膛已经停长的新梢，会冒出来二次生长，对形成花芽不利，因此不建议在六七月份清头。