苹果树腐烂病菌除已知经树皮伤口侵入外，并能经枝条叶痕、果柄痕和皮孔侵入。从3月至11月陆续发生侵染，其间侵染最多的时间，集中在3月下旬至5月中旬。
腐烂病菌侵染过程具潜伏侵染特点，倘侵染点周围组织健康，病菌侵入后，不能立即扩展，而在侵染点潜伏，致树体带菌而不发病；遇侵染点周围组织死亡，环境条件适宜，寄主抵抗力衰弱时，先在死组织中生长，进而侵袭树皮健康组织，导致苹果树发病。
从田间采集苹果枝条，人为冻伤，诱导发病，检查带菌情况。当年抽生的新梢，长到8月，即可检出潜伏病菌，枝条带菌率随枝龄增大而增高。果台上的果柄痕，带菌率约40%，二年枝叶痕带菌率约20%，皮孔带菌率约5%。田间外观无病的苹果树，普遍带有潜伏病菌。
潜伏病菌扩展致病，与树皮组织的状况有密切联系。苹果树随着树龄增长、枝干加粗和枝围扩展，树皮组织发生变化，形成落皮层。落皮层逐渐死亡、失水、干枯，即为枝干表面的干皮翘皮。当落皮层组织已完全死亡而尚未失水变干时，成为腐烂病菌的生长基物。树皮上的潜伏病菌在这些部位活动，发生病变，随引起树体发病。苹果大树，在6-8月形成落皮层，7月上中旬开始发病，8-9月间发病陆续增多。夏秋季果树生长期发病，病变多局限于树皮落皮层，沿树皮表层缓慢扩展，成为表面溃疡，有的局部蔓延较深。表面溃疡失水塌陷，容易和干枯树皮混淆。落皮层干翘后，发病停顿。
晚秋初冬，表面溃疡中菌丝侵入树皮健康组织，病变向深层蔓延；同时，树皮表面定殖的腐烂病菌活动，引起发病，形成小溃疡，发病逐渐增多。冬春季苹果树休眠期，进入腐烂病发生和扩展盛期。北方寒冷地方，严冬发病降低谷，早春，发病激增，为害加剧。晚春，苹果树进入生长期，抗扩展能力增强，发病盛期结束。苹果树腐烂病一轮发病过程，跨两个年度。