所谓种质资源的选择就是正确选择砧木与品种。果树生产不同于一年生的作物，为了取得理想的经济效益，必须正确地选择树种和品种。
（一）主要砧木
宜选择生长健壮、根系发达，嫁接亲和力、适应性和抗逆性均强，有利于丰产、优质的砧木。常用实生砧木主要有八棱海棠、平邑甜茶、山定子、莱芜难咽、烟台沙果；常用营养系矮化砧木主要有M26、M9、M7、MM106。
目前，我国苹果砧木多采用野生性状明显根系发达，抗逆性强的海棠实生根系作基砧，近几年在生产上又开始利用抗逆性更强的红玛瑙海棠。
矮化自根砧与矮化中间砧多利用M系和MM系，如M9、M26、MM106、M7等。
乔化营养系作基砧多利用日本海棠、烟台沙果等。如日本圆叶海棠具有一定的矮化习性，综合抗逆性强，枝条易生根，根系发达，适宜扦插繁育等显著特点。无论是对于乔砧自根系苗木繁育，还是营养系中间砧矮化苗木的繁育都具有重要意义。
若实生乔砧为100%的话，其他砧木与其相对树体矮化程度即树体大小分别为：M9约30%、M26约40%、M7约55%、MM106约60-75%、日本圆叶海棠约80%。
（二）主要品种（略）
（三）苗木质量
选用品种纯正、砧木类型正确、根系大而完整、枝干粗壮充实、芽眼饱满、无明显冻害、病虫伤、机械损伤、无检疫对象的二年生或三年生优质壮苗。
1 品种纯正
根据植物学特征检验品种，苗木的品种纯度应﹥95%。
2 砧木类型正确
砧木（基砧、中间砧、自根砧）类型除根据植物学特征检验砧木纯度应﹥95%外，还应注意基砧、中间砧的长度。
（1）基砧长度：
乔化砧苹果苗10～15，同批苗木个体间差异在±1 cm之间。
矮化中间砧苹果苗5～10，同批苗木个体间差异在±1 cm之间。
矮化自根砧苹果苗15～20，同批苗木个体间差异在±1 cm之间。
（2）矮化中间砧长度：20～25，同一批苗木变幅不超过±1 cm之间。
（3）应注意的问题（及其说明）：
一是，同批次的苗木，要有统一的高度，即同批次个体间差异要小，群体苗木的砧段长度必须一致，个体间差异在±1 cm之间，比如说，我们要求砧木长度是10 cm，那么这批苗木砧木长度应当在9-11 cm之间。
二是，对于中间砧苗木来说，更应当尽量地限制基砧的高度，因为这涉及到栽植方式的问题，如果过高，栽植过深，影响生长。对于中间砧的长度来说，也是要强调群体苗木的砧段长度必须一致，个体间差异在±1 cm之间。
三是，对于乔化砧苹果苗的砧段长度如小于10 cm，在生产上栽得稍深，容易造成品种生根，从而失去砧木的作用。由于砧木和抗逆性明显地好于品种。所以，基砧砧段长一点对生产上是有好处的，也宜于操作管理。
3 嫁接部位愈合良好，砧桩剪除
在实际生产中，往往在嫁接部位出现问题，而导致苗木死亡。砧桩必须及时剪除。
4 根系大而完整
不同的砧木类型其根系发育程度是不同的。实生砧必须通过移栽措施，才能获得相对多的侧根，否则，只有发达的主根，如河北八棱海棠如不进行移栽措施，只有主根，而没有相应的侧根。对这种根系，有人认为是由苹果种子发育而来，是错误的。
实生根系与茎源根系相比，茎源根系的侧根的数量要相应地多。同龄中间砧苗木的基砧根系比相应其他苗木的根系要相应的小。这可能是由于地上两次嫁接对根系的抑制作用明显加大的缘故。
5 枝干粗壮充实、芽眼饱满
苗木根颈至嫁接品种茎先端芽的距离150 cm以上。品种嫁接口以上5 cm处的直径1.5 cm以上。苗木60 cm以上部分芽眼饱满，无损伤枝段的长度长于60 cm。
6 无明显冻害、病虫伤、机械损伤
无苹果绵蚜、苹果蠹蛾和美国白蛾检疫对象。