病原为苹果链格孢的强毒株系（Alternaria mali rob.），属半知菌亚门真菌。
黄褐色至暗褐色，呈棍棒形、卵圆形或椭圆形，有1-7个横隔，0-5个纵隔，顶端有很短嘴孢，嘴孢大小差别较大。分生孢子大小（6.5-15）微米×（12.5-52.5）微米，表面光滑或有小粒状突起，通常5-8个链生在有分隔的分生孢子梗上。
病菌在PSA和PDA（马铃薯、葡萄糖、洋菜）培养基上生长良好。菌落初期为白色，不久菌落背面为黑色至黑褐色，边缘灰白色，菌落茂盛，但气生菌丝较少。在25℃黑暗条件下，培养24-36小时即可产生分生孢子。病菌在5℃以下和35℃以上的条件下，生长缓慢其生长适宜温度为25-30℃，病菌孢子在清水中萌发良好，在20-30℃温度下，叶片上有5小时以上水膜，即可完成侵染。病菌对酸碱度的适应性较广，但以中性左右最适宜。光照和光源性质对菌丝的影响不大，但对产孢量影响较大。黑光灯（波长360-400纳米）照射能促进产孢，而自然散射光则抑制产孢。在苹果组织液中，孢子的萌发率高于清水和葡萄糖液。田间落地病叶上的病菌在室内干燥条件下保存190天，仍有10%存活，经保湿培养，8.8%的病斑能产生新的分生孢子。存放350天之后，仍有3.7%病斑上的菌丝成活，但已完全失去产孢能力。
