苹果斑点落叶病以农业防治为主，辅以化学防治等其他防治措施。苹果斑点落叶病的防治关键，是在搞好果园管理的基础上应立足于早期药剂防治。春梢期防治病菌侵染，减少园内菌量；秋梢期防治病害扩散蔓延，避免造成早期落叶。
选用抗病品种：根据生产需要，尽可能种植抗病品种，如金冠、乔纳金、富士等；减少易感品种的种植面积，控制病害大发生。
加强栽培管理：结合冬剪，彻底剪除病枝。落叶后至发芽前彻底清除落叶，集中烧毁，消灭病菌越冬场所。合理修剪，及时剪除夏季徒长枝，使树冠通风透光，降低园内小气候环境湿度。地势低洼、水位高的果园要注意排水。科学施肥，增强树势，提高树体抗病能力。
树体保护是预防此病的积极措施。药剂防治是有效控制病害的主要措施。关键要抓住2个为害高峰：春梢期从落花后即开始喷药（严重地区花序呈铃铛球期喷第1次药），10-15天1次，需喷药2-3次；秋梢期根据降雨情况在雨季及时喷药保护，一般喷药2次左右即可控制该病为害，严重果园或元帅系品种可视情况加喷1次。
常用有效药剂有：30%戊唑多菌灵悬浮剂1000-1200倍液、10%多抗霉素可湿性粉剂1000-1500倍液、25%戊唑醇水乳剂2000-2500倍液、80%代森锰锌可湿性粉剂800-1000倍液、50%克菌丹可湿性粉剂600-800倍液、75%异菌多锰锌可湿性粉剂600-800倍液、45%异菌脲悬浮剂1000-1500倍液、10%苯醚甲环唑水分散粒剂1500-2000倍液、50%异菌脲可湿性粉剂1000-1200倍液等。尽量掌握在雨前喷药效果较好，但必须选用耐雨水冲刷药剂。
微生物菌剂——细奎斑的有效成分是枯草芽孢杆菌（10亿/毫升），主要防治叶斑病。该菌剂内含大量有益生物菌，能蚕食细菌，有效控制细菌种群数量，抑制细菌繁衍，有效保护叶片和果实。也能分泌刺激作物生长的蛋白质，快速修复因生理、病理原因形成的创伤，促进伤口愈合。经2018、2019两年试验，细奎斑对苹果斑点落叶病的防治有较好的效果。
