病原为果生核盘菌（Sclerotinia fructigena Aderh et Ruhl.），属子囊菌亚门真菌，有性阶段在自然界很少发生；无性阶段为（Monelia frutigen Pers.），属半知菌亚门真菌。分生孢子梗无色，丝状，单胞，其上串生分生孢子。分生孢子无色，椭圆形，单胞，大小（11-31）微米×（8.5-17）微米。后期病果内生成菌核，黑色，不规则形，大小1毫米左右，子囊盘漏斗状或盘状，平滑，灰褐色。子囊圆筒形，大小（121-188）微米×（7.5-11.8）微米。子囊孢子椭圆形，无色，两端钝圆，大小719微米×（4.5-8.5）微米。褐腐病适应性强，既能在高温高湿条件下迅速扩长菌丝产生孢子，也能在0℃低温条件下维持菌丝的侵染活性。病菌生育温度为1-30℃，适温为25℃（3）寄主。这种病原可侵染苹果、梨和核果类等果树。
苹果褐腐病是由真菌引起的病害，主要危害果实，也危害花和果枝。
枝干症状：在枝干上形成溃疡病疤。
花朵症状：可使花朵萎蔫或产生褐色溃疡斑。
果实症状：被害果面初现浅褐色小斑，病斑迅速扩展，经8～10天可使整个果实腐烂。病果的果肉松软，海绵状，略有弹性，落地不易破碎。病斑在扩大腐烂过程中，遇到多雨潮湿的天气，其中央部分形成很多突起的、呈同心轮纹排列的灰褐色或灰白色绒球状物。树上的病果常提早脱落，也有少量残留于树上，失水干缩成僵果，表面具有特殊的蓝黑色斑块。贮运期间以10月下旬至11月气温较高时发病较多。病果和被侵染但尚未发病，或表面带有病菌而未入侵的果实，在贮运期遇高温、高湿条件加上挤压、碰伤，病害很快传播蔓延。贮运期间发病的果实，果面一般不产生灰白色绒球状物。