苹果锈病菌侵染桧柏小枝后，形成菌瘙，以菌丝体越冬。翌年降雨后菌瘿中涌出冬孢子角。冬孢子萌发生成小孢子—担孢子，又随风飞传播到苹果树上，侵入叶、果或嫩梢，先后形成性孢子器及锈孢子器。该锈菌生活史中少夏孢子阶段，一年中只发生一次侵染。锈孢子成熟后，随风传播到桧柏上，侵入小枝形成菌瘿，是病菌生活在桧柏上进行轮循环。
苹果锈病的流行与早春的气候密切相关，降雨频繁，气温较高易诱发此病流行。相反，春天干燥，虽降雨偏多，气温较低则发病较轻。
果锈病病菌，必须在转主寄主如桧柏、塔柏、圆柏、龙柏、刺柏等树上过冬，才能完成侵染循环，若苹果，海棠园或苗园地附近没有这些寄主，则不会发生此病。越冬转主寄主的存在数量较多的越冬病菌，次年发病就会较为严重。4-5月，展叶开花后，若遇阴雨连绵，降水量达到50毫米以上，则有利于病菌传播和侵染。