苹果锈病主要为害叶片，也能为害嫩枝、幼果和果柄，还可为害转主寄主桧柏。叶片初患病正面出现油亮的橘红色小斑点，逐渐扩大，形成圆形橙黄色的病斑，边缘红色。发病严重时，一张叶片出现几十个病斑。发病1-2周后，病斑表面密生鲜黄色细小点粒，即性孢子器。叶柄发病，病部橙黄色，稍隆起，多呈纺锤形，初期表面产生小点状性孢子器，后期病斑周围产生毛状的锈孢子器。新梢发病，刚开始与叶柄受害相似，后期病部凹陷、龟裂、易折断。幼果染病后，靠近萼洼附近的果面上出现近圆形病斑，初为橙黄色，后变黄褐色，直径约10-20毫米。病斑表面也产生初为黄色、后变为黑色的小点粒，其后在病斑四周产生细管状的锈孢子器，病果生长停滞，病部坚硬，多呈畸形。嫩枝发病，病斑为橙黄色，梭形，局部隆起，后期病部龟裂。病枝易从病部折断。
病菌侵染桧柏小枝后，在小枝一侧或环绕小枝形成半球形或球形菌瘿。菌瘿直径3-5微米，初时表面平坦，至翌年春天菌瘿表面呈长圆形稍凹入的部分，其边缘颜色较深，不久中心部位略为隆起，终则破裂，露出冬孢子角。冬孢予角深褐色，皱缩呈鸡冠状，高1.5-3微米，宽2.5-5微米，春雨时，冬孢子角吸水膨大，呈胶质花瓣状。菌瘿上有粗糙下陷部分，即前一年产生的冬孢子角处。